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工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算阶段是工程造价审计把关的重要阶段，其主要工作是对工程竣工结算的审核。该项工作，主要是由工程审核人员根据合同、相关定额、竣工资料、 或地方的有关法规法规为依据，对送审的竣工结算进行汇总核实。工程决算的审核，核准的难点之一是工程项目隐蔽工程的签证。当前工程项目隐蔽工程签证，在审核的工程造价中，占有较大比重。隐蔽工程，由于施工后已难再见，无法实物核查，而终的审计人员只有依据相关资料及签证。
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
竣工阶段的工程预算控制：
竣工阶段的造价控制，不仅可以规范造价的内容，还能总结成本消费。竣工阶段的造价控制，需落实验收与质量检测，做好造价审核的工作。分析竣工阶段造价控制的策略，如：
(1)遵循竣工阶段造价核算的合同要求，严格审核中的变更问题，强化变更项目的模式化计量，以免影响竣工造价控制的效果；
(2)深入研究工程施工中实际产生的工程量，积极落实到竣工阶段，保障工程预算的平衡化发展
