分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算随着我国经济的迅速发展 加强了基本建设力度在取得巨大成就的同时也出现了一些值得重视的问题。如某些施工单位为了追求自身的利益，在基建工程上营私舞弊，频频出现高估冒算的现象。根据以往工作经验，进行工程决算审计常发现的问题有：多列工程项目、工程量不实、高套定额、乱取费用等问题。为了管理好并合理使用基建资金提高投资效益和维护建设方利益加强基建工程决算的审计工作非常重要。开展工程决算审计主要从以下几个方面入手。
工程预算进度计划的编制依据包括：
(1)经过审批的建筑总平面图及单位工程的全套施工图及地质及地形图、工艺设计 图、设备及基础图、采用的各种标准图等图纸及技术资料。
(2)施工组织总设计对本单位工程的要求及施工总进度计划。
(3)要求的施工工期及开、竣工时间。工程准备阶段文件（由建设单位按项目立卷包括24项文件材料）：1、立项申请报告及批复；2、可行性研究报告及批复；3、环境影响报告书或环境影响报告表或环境影响登记表；4、固定资产投资项目年度计划；5、建设用地批准书；6、国有土地使用证及附图；7、拆迁补偿安置协议；8、建设用地规划许可证及附图；
工程预算审计副组长的职责（1）负责本专业造价管理咨询业务，指导和协调造价员的工作。（2）在项目负责人的领导下，组织本专业造价人员拟定项目跟踪审计实施细则，核查资料使用、咨询原则、计价依据、计算公式、软件使用等是否正确。（3）掌握本专业项目造价管理咨询实施状况，协调并研究解决存在的问题。（4）组织编制本专业的初步成果文件及其说明和目录。3、审计成员的职责（1）依据业务要求，执行作业计划，遵守行业标准与原则，对所承担的业务质量和进度负责。（2）根据专业造价工程师的分工要求，履行本职工作，选用正确的业务数据、计算方法、计算公式、计算程序，做到内容完整、计算准确、结果真实可靠。（3）制作真实完整的现场资料。计算建筑面积的范围（1）单层建筑物不论其高度如何，均按一层计算，其建筑面积以外墙勒脚以上的结构外围水平面积计算。注意是结构外表面，不包括粉刷、贴面等外装修。（2）高低联跨的单层建筑物，当高跨为边跨时，按勒脚上两端山墙外表面之间的水平长度乘以勒脚以上对墙表面至高跨中柱外边线的水平宽度计算；当高跨为中跨时，按勒脚以上两端山墙外表面间的水平长度乘以中柱外边线的水平宽度。