工程预算审计主要是根据 有关法规和政策，依据 建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程预算的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。
工程预算建筑规模有时也会不一样。比如规划许可证是10000平米，但是招标文件上是10500平米，中标了和你怎么填？填10500平米，那么就会合规划许可证发生冲突，到时候也会领不了。因此如何判定是有意为之要具体分析。审计部门可能会对造价指标进行比较。如多层框架结构（不带地下室）每平米为多少元。可有的时候，招标单位的建筑面积是按照测绘部门提供的数据，而预算的建筑面积的计算方法有的不能和其接轨，难免会产生误差。那么，由此认为就提高了工程预算也是不妥的。
工程预算符合设计规范要求的工程设计是有效的、经济的工程设计。审计人员要充分利用前期已完成的，符合设计规范要求的设计案例，将各类工程的经济数据指标，与新项目的设计方案工程概算进行对比。以经济扛杆的作用方式，调动设计人员的积极性，尽量多计算、多画图，充分运用自己的知识和经验，降低工程造价，设计出符合规范要求的工程设计。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。