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保障水环境质量；通过为微生物提供必要的碳源，可以确保微生物有效地降解污水中的污染物，防止污染物未经处理就排放到水体环境中。污水中如果含有过多未经处理的有机物、山东德州当地氮磷等污染物进入水体，就会造成水体富营养化。例如，过量的氮磷会导致水体中的藻类大量繁殖，消耗水中的氧气，影响水中其他生物的生存，破坏水体生态平衡。而有充足的碳源供微生物利用，可以有效地去除污水中的这些污染物，如将有机污染物分解为二氧化碳和水，将氮磷转变为无害的物质或者去除，，合适的碳源可以诱导酶系统的产生，这些酶可以参与氧化还原反应，使难降解有机物的分子结构发生改变，从而逐步被分解。这一过程有助于进一步降低废水中的污染物浓度，像提高化学需氧量（COD）、山东德州总有机碳（TOC）等指标的去除率，从而出水水质，使处理后的水更加符合排放或者回用的标准。
碳源是微生物生长繁殖所必需的营养物质。微生物如同生物处理系统中的“工作者”，而碳源就像是它们的“食物”。在生物处理反应器中，微生物需要利用碳源来维持自身的生命活动，进行自我增殖。例如，在传统的污水处理工艺中，微生物通过摄取碳源中的碳元素构建细胞物质，进而繁殖出更多的微生物个体，形成活性污泥的一部分，帮助降解污水中的有害物质，提高系统处理污水的能力。污水中含有大量如脂肪、山东德州当地蛋白质、山东德州本地碳水化合物、山东德州同城有机酸等的有机污染物。碳源可促进微生物生长，而微生物通过其代谢作用将这些复杂性有机物逐步降解转化为二氧化碳和水等较为无害的物质，从而达到去除污水中有机物、山东德州当地净化污水的目的。与此同时，有机物质的降解会产生氢离子，如果pH值过低则对微生物生长和代谢产生不利作用，不过碳源在这一过程中可以起到一定的调节pH值的作用，避免该问题的恶化，保障微生物降解污染物的能力不被削弱。
在水产养殖环境中的作用稳固水体菌藻相平衡：碳是藻类十分重要的营养元素，相当于是藻类的骨架。向水体中补充含碳源的物质能够补充有机碳，稳固水体菌藻相平衡，进而稳定水体的pH。例如很多水产养殖池塘中如果水中缺碳，藻类生长缓慢或者不稳定，补充像乙酸钠这样的碳源，可以为藻类的生长提供必要的碳元素，促进藻类的光合作用，增加水中的溶氧量；同时维持有益微生物在水体中的比例和活性，防止因天气突变等原因引起水质的剧烈变化，起到稳定养殖水体生态环境的作用。促进有益微生物和藻类繁殖：水体中的碳源富含发酵蛋白、山东德州同城氨基酸和还原糖时，能有助于促进有益藻类和微生物的繁殖生长，稳定水色。水产养殖中的藻类可以为养殖生物提供氧气、山东德州本地作为食物来源等重要作用，有益微生物则有助于分解水体中的有害物质、山东德州本地调节水体生态环境等，所以碳源通过促进它们的生长对整个养殖环境产生积极影响，如新生成的有益微生物能够分解残饵、山东德州粪便等，防止水中有机物的过度积累。