工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算设计部门应当加强以下几个方面的工作：
1）工程预算项目的设计单要严把质量关，保证所提交的工程设计具有较高的质量；
2）应当明确职责并与奖金挂钩，发挥绩效的积极作用；
3）应当有计划有目标地培养技术骨干，通过请专家来对企业员工进行培训、单位工程竣工验收程序：工程竣工验收由建设单位组织勘察、工程预算编制、施工、监理等单位和其他有关方面的专家进行工程验收。（1）单位工程完工后，施工单位自行组织检查评定，并向建设单位提出交工验收投告。（2）建设单位收到工程验收报告后，应由建设单位（项目）负责人组织施工（合分包单位）、工程预算编制、监理等单位（项目）负责人进行单位（子单位）工程验收。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。
眉山工程预算造价定额项目已包含造价材料现场运输用工，未包含由相关部门规定配送而发生的配送费平整场地是指建筑场地土石方安装、装饰及园林工程结算取定的材料单价和市场行情出入很大，有的甚至“偷梁换柱”。例如某国产灯具安装材料套用进口材料价格，工地现场的名贵树种规格和结算书的规格大相径庭，通过现场勘查取证 ，工程造价水分被大大挤压出来。重复签证。重复签证产生的原因有可能是现场管理人员素质不高，对工程定额理解不够；也有可能是管理人员对工程签证缺乏严肃性，不负责任，放弃了监管。例如，某单位在对潜水泵抽水台班签证时，另外又签证了有多少技术工人、普通工人工日。厚度≤±30cm的就地挖、填及平整。挖填土石方厚度＞±30cm时，挖填土石方根据场地土方平衡竖向布置图，按一般土石方相应规定计算，不再计算平整场地。回填土定额项目分为松填、夯填。松填是指设计要求有回填范围(面积)，标高及堆积土的平整度；夯填除了有松填的上述要求外，还应按设计密实度要求分层回填并夯实。没有设计回填范围(面积)、标高和平整度要求的弃土，不得按松填计算。