工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
决策阶段控制工程预算的方法一般有：
1）进行多方案的技术经济比较，择优确定 建设方案；
2）建立科学决策体系，合理确定投资估算；
3）客观、认真的做好项目评价；
4）推行和完善项目法人责任制，从源头上控制工程项目投资。
工程预算编制过程要注意以下几点：
（1）了解工程的设计文件、技术文件、现场勘查情况和施工条件。
（2）按国际清单要求设定清单项目 ，准确表述工作内容与工作要求，规范使用计量单位。
（3）清单项目设置完整，不漏项。
（4）工程量计算必须准确，不然给投标人实施不平衡报价以可乘之机。
工程造价员和工程预算员的区别如下：
一、工作性质不同预算员是在工程施工前对工程的投资进行预算工作，造价员是工程完工以后对工程的实际产生的费用进行造价咨询（工程预算审计）工作。造价员也可从事预算工作，但预算员不能从事造价咨询工作。
二、工作单位不同预算员一般是在施工企业工作，造价员一般是在造价咨回询企业工作
三、不同预算员是省建设厅印制的，由省建设厅颁发。造价员是中国造价咨询协会（中价协）的，是省造价管理总站颁发。
工程预算编制规范和标准：
《工程测量规范》GB50026-93
《土方与 工程施工及验收规范》GBJ201-83
《工程测量基本术语标准》GB/T50123-9
《建筑地基基础工程施工质量验收规范》GB50202-2020
《地下防水工程施工及验收规范》按承包合同确定的结算方式确定结算总价，在初审结算书、与承包方核对时依据合同，进行甲供材料、配合管理费及责任扣款等费用的确认、扣除；