工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
工程预算通过分析各项费用指标来找出工程预算审计的突破口，准确完整的反映工程的实际造价。如对某单位一建筑项目进行审计，审计人员通过审查发现该项目与以往审计过的某幢建筑物A的设计完全想同，经过测算该项目的经济造价指标和部分材料指标均高出A建设工程，审计人员进一步审计发现该项工程多计钢材16.3t；商品砼多计128.8m3。由于上年价格指数变动不大，且使用的是同一估价本，所以审计人员在审计过程中只考虑价差问题未考虑价格上涨指数，审计人员核减工程预算合计15.78万元。
工程预算施工阶段，合理地确定部分主材单价也是很关键的。由于新工艺与新材料的不断出现，市场材料由于品牌、质量等因素的影响，价格差异相当大，这就要求审计人员对各种工程材料的市场行情，有相当程度的熟悉。建筑材料费通常会占比工程建安造价的50～60%左右，因此合理认定材料价格非常重要。 由于定价太高而推高工程造价的情况时有发生，对工程审计与工程款支付，产生非常不利的影响。
工程预算竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，基建审计内容为（1）竣工决算编制依据；（2）项目建设及概（预）算执行情况；（3）建设成本；（4）交付使用资产；（5）尾工工程；（6）结余资金；（7）基建收人；（8）投资包干结余；（9）投资效益评价。主要根据 的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概（预）算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金；隐瞒或截留基建收人和投资包干结余、以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等等。